Die für das Landschaftsbild der Holsteinischen Schweiz typischen Hünengräber bezeugen auch in der Gemeinde Helmstorf, dass diese malerische Region mit Blick auf die Hohwachter Bucht bereits vor 4000 Jahren von Menschen besiedelt war. Viel später, nach der Völkerwanderung, ließen sich slawische Stämme in den von der germanischen Urbevölkerung verlassenen Gebieten Ostholsteins nieder.

Mit der deutschen Kolonisation im 12. Jahrhundert entstanden auch in der Gemeinde Helmstorf die im mittelalterlichen Nordeuropa verbreiteten Turmhügelburgen. Als administrative und militärische Zentren dienten diese Burganlagen der Sicherung und Kontrolle der frisch eroberten Territorien. Noch heute sind im Gemeindegebiet die dazu gehörigen Wallhügel, auch "chateau à motte" oder "Modde" genannt, sichtbar.

Im Jahre 1275 taucht der Name der heutigen Gutsanlage erstmals auf: Historischen Urkunden ist zu entnehmen, dass der Ritter Gottschalk von Helmerickesdorpe zu dieser Zeit auf einer Wasserburg innerhalb der schon damals angestauten Kossau residierte. Von dieser Wasserburg sind allerdings heute keine Überreste mehr vorhanden. Die Gutsanlage des an gleicher Stelle errichteten Hofes Helmstorf stammt weitgehend aus dem 18. Jahrhundert und wurde vom damaligen Besitzer, dem 1763 verstorbenen Friedrich Christian v. Buchwaldt, gestaltet.

Die Helmstorfer Wassermühle, in der bis weit in das 20. Jahrhundert hinein noch Korn gemahlen wurde, weist außerdem eine weitere Besonderheit auf: Bereits im Jahre 1895 wurde hier eines der ersten Elektrizitätswerke Schleswig-Holsteins betrieben. Auch heute noch versorgt die Turbine den Hof Helmstorf und speist gleichzeitig Strom in das öffentliche Netz ein.